O Programa de Pós-graduação em Ciências Naturais (PPGCN) é um programa de pós-graduação Interdisciplinar que envolve áreas principalmente da Química, Física, Biologia, Agronomia, Matemática e Educação. Os projetos e trabalhos desenvolvidos são resultados de uma demanda da Ciência atual, através da interligação das diferentes áreas para solucionar problemas reais da natureza. Os alunos ingressantes possuem perfis variados e se identificam com o programa devido a formação interdisciplinar que lhes permite atuar com sucesso no mercado de trabalho, principalmente em outras instituições de ensino da região Norte Fluminense ou até mesmo do país.